Kasabati compte une dizaine d’employés salariés. Ceux-ci contribuent à la mobilisation des ressources et exécutent les projets et programmes. Ces projets et programmes sont gérés selon des manuels de procédures internes de la structure (gestion administrative, financière et comptable, suivi-évaluation, gestion de personnel, etc.), tout en respectant les procédures des bailleurs de fonds autant du point de vue programmatique que financier. 

Afin d'assurer voire de garantir sa performance et de manager efficacement son personnel, Kasabati a un schéma organisationnel qui consiste à mettre en place une équipe pour chaque projet, tout en permettant aux membres des différentes équipes à travailler de concert et à partager leurs expériences. Cet état de fait lui permet d’intégrer des activités et d’assurer leur pérennité. 

Les équipes de gestion des projets et programmes de Kasabati sont accompagnées par des personnes ressources et conseillers techniques, qui ont une expertise dans leur domaine d'intervention.